Implantado no ano de 1986, o Horto teve 3 fases: na primeira, as mudas foram produzidas para a arborização da cidade nova de Itá. Na segunda fase, foi para a manutenção das instalações dos alojamentos e arborização das sedes dos núcleos relocados. A terceira e atual fase é destinada à recuperação de áreas degradadas e à implantação da faixa de vegetação ciliar do lago formado pela UHE Itá.

O Horto pertence ao Consórcio Itá e possui uma área de 2,25 ha. Canteiros, sementeiras, estufa e salas de apoio fazem parte da estrutura do Horto .
Hoje, o Horto Botânico possui aproximadamente 100 espécies diferentes de árvores nativas da região do Alto Uruguai.A capacidade de produção é de 100 mil mudas por ano.